Morza i oceany pokrywają blisko trzy czwarte powierzchni Ziemi. Ingerencja człowieka w środowisko naturalne powoduje zmiany w ich stanie naturalnym i bioróżnorodności. Od dziesięcioleci stopniowo rośnie średnia kwasowość powierzchni mórz i oceanów (od 1990 r. odczyn pH wód oceanicznych zmniejszył się z 8,10 do 8,06). Zmiany te, powodowane m.in. zwiększoną emisją CO₂ do atmosfery, negatywnie oddziałują na organizmy żyjące w wodach morskich i oceanicznych, w szczególności na gatunki budujące swój szkielet z węglanu wapnia.

Dla utrzymania i wzmacniania naturalnej różnorodności biologicznej na świecie pod auspicjami Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i jej Zasobów (IUCN) wyznaczane są tzw. Kluczowe Obszary Różnorodności Biologicznej (Key Biodiversity Areas – KBAs). Niektóre z nich objęte są ochroną przez krajowe regulacje prawne. Spośród wszystkich obszarów morskich na świecie, określonych przez organizacje międzynarodowe jako kluczowe dla bioróżnorodności, 46% ich powierzchni objętych jest ochroną (wobec 37% w 2005 r.). W największym stopniu przepisy prawne chronią kluczowe obszary morskie w Europie (71% powierzchni), a w najmniejszym w Azji Zachodniej (16%). W porównaniu z 2005 r. największa poprawa dokonała się w Afryce Północnej i Subsaharyjskiej, gdzie odsetek kluczowych obszarów objętych ochroną zwiększył się z 22% i 25% do 40%.

Na obszarze Polski wyróżniono 175 Kluczowych Obszarów Różnorodności Biologicznej na powierzchni 61 tys. km², z czego 45 znajduje się na obszarach morskich. Niemal 90% powierzchni kluczowych obszarów morskich jest objętych ochroną. Odsetek ten zwiększył się wyraźnie wraz z wejściem Polski do UE (w 2003 r. wynosił 29%) i objęciem niektórych terenów programem Natura 2000.

Bioróżnorodności mórz i oceanów zagraża m.in. zjawisko przełowienia ryb, tj. nadmiernej, niekontrolowanej eksploatacji łowisk sprowadzającej populacje poławianych gatunków poniżej poziomu bezpiecznego dla ich odtworzenia. Na potrzebę monitorowania stanu stad rybnych klasyfikuje się je według trzech kategorii: stada ryb nadmiernie eksploatowane, w pełni wykorzystane lub nie w pełni wykorzystane. Za biologicznie zrównoważone stada uznaje się te, które zaliczono do dwóch ostatnich grup. W skali świata jest ich coraz mniej: odsetek zasobów rybnych na biologicznie odnawialnym poziomie zmniejszył z ponad 70% w latach 2004-2006 do 66%.

Odsetek powierzchni morskich Kluczowych Obszarów Różnorodności Biologicznej (KBAs) objętej ochroną (%)

W 1992 r. podczas szczytu Ziemi w Rio de Janeiro powstała konwencja o Różnorodności Biologicznej (tzw. konwencja z Rio) podpisana przez 196 państw świata. W ślad za nią Unia Europejska utworzyła Europejską Sieć Ekologiczną Natura 2000, mającą na celu zachowanie siedlisk przyrodniczych oraz cennych lub zagrożonych gatunków. Jej podstawą są dwie dyrektywy: tzw. dyrektywa ptasia (w sprawie ochrony dzikiego ptactwa) i dyrektywa siedliskowa (w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory). Sieć Natura 2000 obejmuje 573 tys. km² obszarów morskich na terenie UE, z których 7 tys. km² znajduje się na terenie Polski.

Relacja powierzchni obszarów morskich objętych ochroną do powierzchni Wyłącznych Stref Ekonomicznych (WSE)^a w 2018 r. (%)

a Wyłączna Strefa Ekonomiczna jest to obszar ustanowiony na podstawie umów międzynarodowych, na którym państwo nadbrzeżne ma wyłączne suwerenne prawo do badań naukowych, eksploatacji zasobów naturalnych, wznoszenia instalacji i konstrukcji, a także ochrony i zachowania środowiska morskiego.